Kecanduan internet yang parah telah menjadi epidemi yang menginfeksi kaum muda bangsa, yang pada akhirnya mengakibatkan ketergantungan ekstrim mereka pada world wide web. Mereka yang terlalu jauh terdaftar di Elite Reeducation Academy untuk membantu mereka tumbuh menjadi orang dewasa yang sukses. Hibiki adalah salah satu remaja yang terbangun di fasilitas tanpa menyadari bagaimana dia bisa berada di sana. Dia mengetahui dari kepala instruktur bahwa dia tersingkir dan dibawa ke sekolah atas perintah ibunya, prihatin dengan betapa agresifnya putranya sebagai akibat dari kecanduan internetnya. Terjebak di tempat yang lebih mirip penjara daripada akademi, dan tanpa melarikan diri dari penyalahgunaan instruktur, Hibiki memutuskan untuk mengakhiri hidupnya dengan melompat dari atap. Tapi seperti sudah takdirnya, dia bertemu dengan seorang pria misterius bernama Shin yang berjanji untuk memberikan arti hidupnya…

Setelah upaya NERV yang gagal untuk mengambil kembali Tombak Longinus dan melaksanakan Proyek Instrumen Manusia, kehancuran yang disebabkan oleh Dampak Keempat sebagian besar telah dihindari. Dalam keadaan kacau, Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami, dan Rei Ayanami melakukan perjalanan ke Desa 3 pemukiman selamat yang bebas dari kehancuran Bumi. Di sana, Shinji perlahan menerima masa lalunya, mengembangkan kehidupan yang sama sekali berbeda dari hari-harinya sebagai pilot Evangelion. Sementara itu, Nerv membuat persiapan untuk melanjutkan Proyek Instrumentalitas melalui Dampak baru. Ketika kapal perang udara utama WILLE tiba di desa, Shinji memutuskan untuk naik, percaya bahwa dia dapat membantu dengan mengemudikan Evangelion. Saat rahasia baru terungkap dan pertempuran antara WILLE dan NERV mendekat, masa depan Bumi tergantung pada keseimbangan. Bisakah Shinji menyelamatkan umat manusia dan seluruh dunia untuk terakhir kalinya?

Empat belas tahun setelah Dampak Ketiga, Bumi adalah gurun pasca-apokaliptik, peradaban manusia hancur, dan orang-orang yang Shinji Ikari kenal hampir tidak dapat dikenali. Terperangkap di dalam Evangelion Unit-01, ia ditemukan dari luar angkasa oleh Asuka Langley Shikinami dan Mari Illustrious Makinami, hanya untuk mendapati dirinya sebagai tawanan WILLE, sebuah faksi militer yang dipimpin oleh mantan walinya Misato Katsuragi. Dingin dan pahit, mantan sekutunya memandangnya dengan kecurigaan dan menolak untuk mendukungnya saat dia menerima konsekuensi dari tindakannya. Shinji yang terluka dan bingung diselamatkan dari WILLE oleh Rei Ayanami dan kembali ke markas NERV. Di sana, ia bertemu dan dengan cepat berteman dengan Kaworu Nagisa yang penuh teka-teki, yang memberinya kehangatan dan wawasan tentang keadaan perang NERV dengan para Malaikat. Tapi jeda singkat Shinji dan Kaworu terletak pada malam pertempuran baru, di mana Shinji menemukan bahwa musuhnya bukan lagi Malaikat tetapi mantan rekan. Dalam konfrontasi pahit untuk menentukan masa depan dunia ini, Shinji akan belajar secara langsung bahwa masa lalu benar-benar tidak dapat dibatalkan.

Ketika ancaman ancaman Malaikat meningkat, kekuatan pertahanan umat manusia didorong ke batasnya, dengan NERV di garis depan perjuangan. Shinji Ikari dan rekannya Rei Ayanami dibantu oleh dua pilot baru: Asuka Langley Shikinami yang berapi-api dan Mari Illustrious Makinami yang misterius. Dengan bantuan unit Evangelion mekanik mereka, dilengkapi dengan senjata yang sempurna untuk menyerang lawan mengerikan mereka, empat jiwa muda berjuang mati-matian untuk melindungi orang yang mereka cintai dan mencegah kiamat yang akan datang. Tetapi ketika rahasia mengejutkan terungkap, akankah tantangan terbesar para pahlawan terbukti menjadi monster … atau kemanusiaan itu sendiri?

Di dunia pasca-apokaliptik, pemukiman manusia terakhir yang tersisa di Jepang adalah kota Tokyo-3 yang dijaga ketat. Shinji Ikari yang berusia empat belas tahun dibawa ke markas NERV, sebuah organisasi bawah tanah yang dipimpin oleh ayahnya yang terasing, Gendou. Dia meminta Shinji menjadi pilot dari “Evangelion,” sebuah android kolosal yang dibangun untuk melawan makhluk asing yang mengerikan dan merusak yang dikenal sebagai “Malaikat” yang mendatangkan malapetaka di planet ini dan mengancam kelangsungan hidup umat manusia yang tersisa. Meskipun awalnya enggan, Shinji terpengaruh oleh gagasan untuk berdamai dengan ayahnya, dan setuju untuk membantu upaya berbahaya umat manusia melawan ancaman aliennya, sebagai pilot Evangelion Unit-01. Didorong ke tengah-tengah medan perang yang berbahaya, Shinji harus menemukan keberanian yang diperlukan dan tekad untuk menghadapi serangan Malaikat sebelum terlambat.