Sinopsis

Ditetapkan dalam rangkaian peristiwa yang berbeda, cerita ini tidak mengikuti kanon film Appleseed sebelumnya (meskipun disutradarai oleh sutradara yang sama dari film-film sebelumnya); itu adalah cerita alternatif untuk awal mereka. Briareos sudah menjadi cyborg dan tidak terpisah dari Deunan untuk kemudian dipertemukan kembali di Olympus untuk bergabung dengan ESWAT.

Appleseed Alpha menggambarkan hari-hari awal Deunan Knute dan Briareos di abad ke-22, saat mereka memulai perjalanan melintasi reruntuhan dystopic New York untuk mencari kota Olympus. Mereka disewa oleh Two Horns, panglima perang kota yang hancur, untuk melenyapkan mesin tempur bipedal. Selama pertarungan, mereka bertemu Iris dan Olson, keduanya dalam misi. Deunan dan Briareos berteman dengan mereka dan memutuskan untuk bergabung dengan misi mereka.

Iris ditugaskan untuk mencegah cyborg jahat Talos menangkap senjata rahasia yang dibuat manusia. Talos menggunakan Iris untuk mengaktifkan mesin perang raksasa.