Sinopsis

Empat belas tahun setelah Dampak Ketiga, Bumi adalah gurun pasca-apokaliptik, peradaban manusia hancur, dan orang-orang yang Shinji Ikari kenal hampir tidak dapat dikenali. Terperangkap di dalam Evangelion Unit-01, ia ditemukan dari luar angkasa oleh Asuka Langley Shikinami dan Mari Illustrious Makinami, hanya untuk mendapati dirinya sebagai tawanan WILLE, sebuah faksi militer yang dipimpin oleh mantan walinya Misato Katsuragi. Dingin dan pahit, mantan sekutunya memandangnya dengan kecurigaan dan menolak untuk mendukungnya saat dia menerima konsekuensi dari tindakannya.

Shinji yang terluka dan bingung diselamatkan dari WILLE oleh Rei Ayanami dan kembali ke markas NERV. Di sana, ia bertemu dan dengan cepat berteman dengan Kaworu Nagisa yang penuh teka-teki, yang memberinya kehangatan dan wawasan tentang keadaan perang NERV dengan para Malaikat. Tapi jeda singkat Shinji dan Kaworu terletak pada malam pertempuran baru, di mana Shinji menemukan bahwa musuhnya bukan lagi Malaikat tetapi mantan rekan. Dalam konfrontasi pahit untuk menentukan masa depan dunia ini, Shinji akan belajar secara langsung bahwa masa lalu benar-benar tidak dapat dibatalkan.