Sinopsis

Setelah upaya NERV yang gagal untuk mengambil kembali Tombak Longinus dan melaksanakan Proyek Instrumen Manusia, kehancuran yang disebabkan oleh Dampak Keempat sebagian besar telah dihindari. Dalam keadaan kacau, Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami, dan Rei Ayanami melakukan perjalanan ke Desa 3 pemukiman selamat yang bebas dari kehancuran Bumi. Di sana, Shinji perlahan menerima masa lalunya, mengembangkan kehidupan yang sama sekali berbeda dari hari-harinya sebagai pilot Evangelion.

Sementara itu, Nerv membuat persiapan untuk melanjutkan Proyek Instrumentalitas melalui Dampak baru. Ketika kapal perang udara utama WILLE tiba di desa, Shinji memutuskan untuk naik, percaya bahwa dia dapat membantu dengan mengemudikan Evangelion. Saat rahasia baru terungkap dan pertempuran antara WILLE dan NERV mendekat, masa depan Bumi tergantung pada keseimbangan. Bisakah Shinji menyelamatkan umat manusia dan seluruh dunia untuk terakhir kalinya?