Setelah upaya NERV yang gagal untuk mengambil kembali Tombak Longinus dan melaksanakan Proyek Instrumen Manusia, kehancuran yang disebabkan oleh Dampak Keempat sebagian besar telah dihindari. Dalam keadaan kacau, Shinji Ikari, Asuka Langley Shikinami, dan Rei Ayanami melakukan perjalanan ke Desa 3 pemukiman selamat yang bebas dari kehancuran Bumi. Di sana, Shinji perlahan menerima masa lalunya, mengembangkan kehidupan yang sama sekali berbeda dari hari-harinya sebagai pilot Evangelion. Sementara itu, Nerv membuat persiapan untuk melanjutkan Proyek Instrumentalitas melalui Dampak baru. Ketika kapal perang udara utama WILLE tiba di desa, Shinji memutuskan untuk naik, percaya bahwa dia dapat membantu dengan mengemudikan Evangelion. Saat rahasia baru terungkap dan pertempuran antara WILLE dan NERV mendekat, masa depan Bumi tergantung pada keseimbangan. Bisakah Shinji menyelamatkan umat manusia dan seluruh dunia untuk terakhir kalinya?

Empat belas tahun setelah Dampak Ketiga, Bumi adalah gurun pasca-apokaliptik, peradaban manusia hancur, dan orang-orang yang Shinji Ikari kenal hampir tidak dapat dikenali. Terperangkap di dalam Evangelion Unit-01, ia ditemukan dari luar angkasa oleh Asuka Langley Shikinami dan Mari Illustrious Makinami, hanya untuk mendapati dirinya sebagai tawanan WILLE, sebuah faksi militer yang dipimpin oleh mantan walinya Misato Katsuragi. Dingin dan pahit, mantan sekutunya memandangnya dengan kecurigaan dan menolak untuk mendukungnya saat dia menerima konsekuensi dari tindakannya. Shinji yang terluka dan bingung diselamatkan dari WILLE oleh Rei Ayanami dan kembali ke markas NERV. Di sana, ia bertemu dan dengan cepat berteman dengan Kaworu Nagisa yang penuh teka-teki, yang memberinya kehangatan dan wawasan tentang keadaan perang NERV dengan para Malaikat. Tapi jeda singkat Shinji dan Kaworu terletak pada malam pertempuran baru, di mana Shinji menemukan bahwa musuhnya bukan lagi Malaikat tetapi mantan rekan. Dalam konfrontasi pahit untuk menentukan masa depan dunia ini, Shinji akan belajar secara langsung bahwa masa lalu benar-benar tidak dapat dibatalkan.

Ketika ancaman ancaman Malaikat meningkat, kekuatan pertahanan umat manusia didorong ke batasnya, dengan NERV di garis depan perjuangan. Shinji Ikari dan rekannya Rei Ayanami dibantu oleh dua pilot baru: Asuka Langley Shikinami yang berapi-api dan Mari Illustrious Makinami yang misterius. Dengan bantuan unit Evangelion mekanik mereka, dilengkapi dengan senjata yang sempurna untuk menyerang lawan mengerikan mereka, empat jiwa muda berjuang mati-matian untuk melindungi orang yang mereka cintai dan mencegah kiamat yang akan datang. Tetapi ketika rahasia mengejutkan terungkap, akankah tantangan terbesar para pahlawan terbukti menjadi monster … atau kemanusiaan itu sendiri?

Di dunia pasca-apokaliptik, pemukiman manusia terakhir yang tersisa di Jepang adalah kota Tokyo-3 yang dijaga ketat. Shinji Ikari yang berusia empat belas tahun dibawa ke markas NERV, sebuah organisasi bawah tanah yang dipimpin oleh ayahnya yang terasing, Gendou. Dia meminta Shinji menjadi pilot dari “Evangelion,” sebuah android kolosal yang dibangun untuk melawan makhluk asing yang mengerikan dan merusak yang dikenal sebagai “Malaikat” yang mendatangkan malapetaka di planet ini dan mengancam kelangsungan hidup umat manusia yang tersisa. Meskipun awalnya enggan, Shinji terpengaruh oleh gagasan untuk berdamai dengan ayahnya, dan setuju untuk membantu upaya berbahaya umat manusia melawan ancaman aliennya, sebagai pilot Evangelion Unit-01. Didorong ke tengah-tengah medan perang yang berbahaya, Shinji harus menemukan keberanian yang diperlukan dan tekad untuk menghadapi serangan Malaikat sebelum terlambat.

Setiap 60 tahun, surga melakukan ritual sakral yang disebut ETM12. Kebiasaan ini melibatkan pemilihan Eto-musume makhluk surgawi yang mewakili berbagai hewan untuk menjadi salah satu anggota zodiak Cina, atau Eto-shin. Namun, sejak ETM12 pertama dua ribu tahun yang lalu, kumpulan asli Eto-shin memerintah tanpa ada yang bisa menggantikannya. Nyaa-tan adalah kucing Eto-musume yang bercita-cita menjadi anggota zodiak di ETM12 yang sedang berlangsung. Memenuhi ambisinya mengharuskan dia untuk mengamankan 12 segel, satu untuk setiap Eto-shin. Untuk itu, dia harus memenangkan berbagai jenis pertempuran menggunakan Sol/Lull energi ilahi yang diciptakan oleh emosi positif orang-orang. Namun tugas ini tidak mudah, karena kekuatannya sebagai Eto-musume jauh di bawah kemampuan seorang Eto-shin. Karena itu, dia membutuhkan sumber energi yang konstan. Namun secara kebetulan, Nyaa-tan bertemu dengan Takeru Amato, seorang pria yang baru saja pindah ke apartemen tempat dia tinggal diam-diam. Untuk menyenangkan Nyaa-tan, Takeru menemukan bahwa dia memberikan Sol/Lull berkualitas tinggi sesuatu yang membedakannya dari kebanyakan orang. Dengan ini, kisah Takeru dan Nyaa-tan dimulai. Saat Takeru mendukung Nyaa-tan dalam mimpinya, dia bertemu dengan Eto-shin dan mulai mengungkap masa lalu yang misterius.