Pertukaran hening di antara populasi siswa perempuan di Akademi Shinyo berpusat di sekitar entitas supernatural yang penuh teka-teki. Entitas ini adalah Boogiepop, seorang Shinigami yang dikabarkan membunuh orang di puncak kecantikan mereka sebelum daya pikat mereka berkurang. Sedikit yang tahu sifat aslinya: seorang wali yang, di antara periode dormansi, bermanifestasi sebagai alter ego seorang gadis sekolah menengah bernama Touka Miyashita untuk menangkis “musuh dunia.” Sekarang, serangkaian penghilangan misterius yang dianggap oleh sekolah hanya sebagai pelarian telah menyebabkan Boogiepop terbangun. Tapi di suatu tempat di akademi, makhluk mengancam bersembunyi, menunggu saat yang tepat untuk menyerang. Boogiepop wa Warawanai secara halus mengeksplorasi hubungan intrinsik antara manusia dan persepsi mereka tentang waktu, sambil menyelidiki hubungan kompleks, emosi, ingatan, dan masa lalu para karakternya.